Benešov je skrytou mezilehlou stanicí, podobně jako jeho předchůdce Mezipatro. Najdete ho v prvním podzemním podlaží kolejiště, mezi stanicemi Praha – Podbaba a Světlá pod Sázavou. Prozatím slouží především jako výhybna, výjimečně je využit k odstavení souprav.

Předpokládáme, že sem budou postupně zaústěny další dvě tratě – jedna rekonstruovaná, hlavní a dvoukolejná a druhá spojovací, zcela nová, místo původní spojky do Zruče nad Sázavou.

Výpravčí má k dispozici prozatímní počítačové ovládání výměn s traťovými souhlasy.